La concesión del préstamo por parte de la Entidad suele llevar parejo el cobro de una comisión que, bajo el nombre genérico de comisión de apertura, engloba los gastos de estudio y tramitación del préstamo. Suele ser un tanto por cien del importe del préstamo con una cuantía mínima.
La comisión por amortización anticipada sólo se aplica si efectivamente se produce.
Esta comisión hace referencia a los pagos extras que el cliente decide destinar a aminorar el préstamo, ya sea reduciendo la cuota a pagar mensualmente o el plazo de la operación. A veces, la tarifa varía si lo que se amortiza es todo el préstamo - cancelación total - o sólo una parte - amortización parcial.
En los préstamos a interés variable, la comisión por amortización está limitada por la ley al 1%.
En los de interés fijo la comisión suele ser más elevada debido al mayor riesgo que implica para la Entidad, que se ve obligada a asegurarse ante posibles oscilaciones de los tipos de interés con el consiguiente coste que esto le supone.